Cómo se analizan las variantes del coronavirus

Instituto Malbrán: multiplicó por 15 su capacidad de determinar variantes de CoVid-19 pero los resultados demoran hasta una semana

El secuenciador genómico que se compró empezó a usarse hace un semestre.

De cinco a siete días: ese es, en promedio, el tiempo que le lleva a la Unidad Operativa Centro Nacional de Genómica y Bioinformática del Instituto ANLIS-Malbrán determinar a qué variante pertenece una muestra de SARS-CoV-2. Si la determinación de esa variante tiene que hacerse de forma urgente, el proceso lleva unas 48 horas.

Lo cuenta Josefina Campos, directora operativa de esa unidad que fue creada en 2021 para jerarquizar el trabajo que se hizo allí desde el inicio de la pandemia de Covid-19. Apenas llegó el virus a la Argentina, el Malbrán era el epicentro del procesamiento de los testeos: allí era, en los primeros días del virus en el país, donde se decía si un caso sospechoso era un caso positivo o resultaba negativo. Casi dos años después, y con más de 100.000 testeos diarios a lo largo de toda la Argentina, es impensable que el Instituto Malbrán se ocupe de eso.

Sobre el fin de diciembre, el Malbrán secuenció -es decir, determinó la variante- entre 600 y 800 muestras por semana. “Nuestra capacidad actual quintuplica la que teníamos a principios de 2021, y estimo que secuenciamos 15 veces lo que veníamos haciendo al momento que la pandemia llegó a la Argentina”, describe Campos.

El incremento de capacidad de secuenciación tiene dos motivos principales: “Se multiplicó el recurso humano y se multiplicó la capacidad tecnológica del instituto. Cuando todo esto empezó éramos dos, ahora somos ocho personas especialmente dedicadas a la secuenciación”. Hay biotecnólogos y bioquímicos.

“En la parte más fierrera es que se dio el salto más grande: teníamos el secuenciador más chico de todos y ahora tenemos el más grande de todos. Se incorporó un secuenciador de última generación que permite aumentar la cantidad de muestras y hacer muchos protocolos que antes no podíamos hacer. También se incorporó una plataforma robótica: son 5 robots que permiten automatizar muchos procesos y que tienen gran versatilidad, por lo que pueden servir para muchas cosas”, explica Campos.

El secuenciador llegó a la Argentina a principios de 2021 pero empezó a usarse hace un semestre: hubo que esperar la llegada de algunos reactivos para ponerlo en marcha. La plataforma robótica se usa desde hace casi un bimestre. “Al automatizar muchos procesos, la plataforma permite el procesamiento de una cantidad de muestras que era imposible de ampliar si sólo usáramos la capacidad humana”, sostiene Campos.

“Esta incorporación de tecnología impacta no sólo en la pandemia, sino que permitirá hacer ciencia con otros patógenos y con muestras de agua o para distintos estudios ambientales. Es un salto tecnológico que ahora mismo está dedicado a determinar las variantes de un virus pero que después podrá usarse para otras cosas”, sostiene la científica.

Operar el nuevo secuenciador a su capacidad mínima cuesta lo mismo que costaba operar el secuenciador de escritorio con el que contaba el Malbrán en el inicio de la pandemia, pero multiplica por ocho la cantidad de muestras que puede procesar. “Abarata mucho los costos”, describe Campos. Actualmente, el costo de procesar cada muestra de SARS-CoV-2 está entre los 35 y los 45 dólares, según qué reactivos y plásticos deban usarse.

Ahora mismo, la función principal de la plataforma robótica es acelerar el procesamiento de muestras de SARS-CoV-2. “Pero puede reprogramarse para que el estudio sea más completo o para que se dedique a diferentes tipos de muestras”. Consultada sobre la capacidad máxima de procesamiento de muestras del instituto, Campos responde: “Ahora mismo no estamos en nuestra capacidad máxima. Es relativo ese número porque siempre depende de cómo usás el secuenciador y el robot”. Evita establecer un número concreto pero aclara: “Se podría ampliar esa capacidad pero hay muchos cuellos de botella que no dependen exclusivamente de la secuenciación: tienen que ver con la carga de datos, con la recepción de las muestras. Hablar de un número máximo concreto es muy difícil porque después es una expectativa a cumplir”.

Además de esa tecnología instalada en el Instituto Malbrán, la Unidad dedicada a genómica ya instaló el equipamiento necesario para que se haga secuenciación en cuatro de los catorce institutos que la red de la Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud (ANLIS) tiene en todo el país. Están en Misiones, Pergamino, Santa Fe y Mar del Plata, y el de Pergamino ya está en funcionamiento.

-En un escenario en el que los casos positivos volvieron a crecer marcadamente, ¿una secuenciación que demora entre 5 y 7 días no corre por detrás?

-Las medidas de cuidado son casi idénticas a cuando empezó la pandemia y es una responsabilidad personal de cada uno cumplir esas medidas para evitar el contagio. La unidad habla de “vigilancia genómica” más que de “determinación genómica” porque supervisa qué está circulando y, eventualmente, si surgiera alguna variante o subvariante en el país.

JR

Etiquetas
stats